Владимир Яковлевич Науменко родился 6 февраля 1932 г. в крестьянской семье в селе Василевичи Василевичского района Полесской области (ныне г.Василевичи, Речицкий район, Гомельская область).

После окончания Василевичской средней школы в 1952 г. он поступил на геолого-географический факультет Белорусского государственного университета на отделение физической географии. Будучи студентом В.Я. Науменко активно включился в научно-исследовательскую работу под руководством А.Х. Шкляра и В.А. Дементьева. Изучал фенологию яровых культур Беларуси, аномалии в распределении атмосферных осадков и гроз на земном шаре (работа была удостоена первой категории на республиканском конкурсе научных студенческих работ). Принимал активное участие в студенческих научных конференциях в Беларуси и за ее пределами.

После окончания БГУ с 1 сентября 1957 г. Владимир Яковлевич начал преподавать на кафедре ботаники и географии Брестского государственного педагогического института имени А.С.Пушкина. В 1960–1965 гг. он работал деканом естественно-географического факультета. В 1966 г. Владимир Яковлевич приступает к работе в должности проректора по заочному обучению БГПИ имени А.С.Пушкина. В 1974 г. защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата географических наук «Структурные и территориальные различия в сельском хозяйстве Брестской области». В 1990 г. Государственным комитетом СССР по народному образованию Владимиру Яковлевичу присвоено ученое звание профессора. С мая 1994 г. по декабрь 1995 г. В.Я. Науменко – проректор по учебной работе и социально-экономическим вопросам. В декабре 1994 г. он возглавил созданную по его инициативе кафедру географии Беларуси. С ноября 2001 г. до последних дней жизни работал профессором кафедры физической географии и охраны природы. На высоком научном и методическом уровне читал лекции по дисциплинам: «Геология», «Экономическая география Республики Беларусь», «Геофизика», руководил курсовыми и дипломными работами студентов. 

В.Я. Науменко – специалист в области социально-экономической географии. В 1960-1970-е гг. проводил комплексные исследования Брестской области (природа, население, хозяйство, населенные пункты), результаты которых послужили основой для написания книг «Брестская область за годы Советской власти» (1967) и «Брест. Историко-экономический очерк» (первое издание вышло в 1970 г., второе – в 1977 г.), статей для энциклопедического справочника «Брест» (1987). Изучал структурные и территориальные различия в сельском хозяйстве Беларуси, что нашло отражение в учебных пособиях «География Белоруссии» (1984) и «Сельское хозяйство Белоруссии» (1988) для студентов географических факультетов вузов. В последние годы жизни Владимир Яковлевич работал над пособием для студентов географических специальностей "Основы геофизики" (в 5 ч.), которое было опубликовано в 2004-2005 гг.

В.Я. Науменко внес значительный вклад в развитие и совершенствование профессионального образования, являясь проректором по заочному обучению в течение 28 лет. В это время в институте были усовершенствованы учебные планы и программы, сопоставлены номенклатура и объем в часах дисциплин дневной и заочной форм получения образования, уточнены бюджеты времени летней и зимней сессий, сроки вызова студентов на сессию. Заочное отделение БГПИ имени А.С. Пушкина было признано лучшим в СССР. При непосредственном участии В.Я. Науменко в институте была создана лаборатория множительной аппаратуры, которая специализировалась на издании методических указаний, графиков учебного процесса для студентов-заочников и др.

На протяжении работы в БГПИ имени А.С. Пушкина В.Я. Науменко много внимания уделял совершенствованию образовательного процесса. При его непосредственном участии в Брестском лесничестве в районе оз. Белое была создана база для проведения полевых практик по географии и биологии. С созданием кафедры географии в 1960 г. впервые в истории вуза стали проводиться выездные комплексные полевые практики. В.Я. Науменко были разработаны первые маршруты в Карпаты, на Кавказ, в Сибирь и Карелию. Во время всех видов полевых практик студенты собирали минералы и горные породы, палеонтологические образцы и гербарий растений, которые пополняли фонды кафедры. Работы по созданию кабинета геологии проводились при непосредственном участии В.Я. Науменко, основой для его создания послужили образцы, собранные во время полевых практик. По инициативе Владимира Яковлевича была приобретена коллекция минералов и горных пород в магазине «Русские самоцветы» (г. Свердловск).

В.Я. Науменко в своей педагогической деятельности много внимания уделял школьному географическому образованию. Систематически выступал перед учителями с лекциями в областном Институте усовершенствования учителей, являлся членом жюри областных и республиканских олимпиад школьников по географии. Им подготовлены и изданы многие пособия для учителей и учащихся. Его статьи вошли в «Хрестоматию по географии Белорусской ССР» (1977), «Хрестоматию по экономической географии БССР» (1991), энциклопедический справочник школьника «Геаграфія Беларусі» (1992).

Владимир Яковлевич являлся председателем Брестского областного отдела педагогического общества, активно занимался изучением передового опыта и совершенствованием учебно-воспитательного процесса в школах, педагогических и профессионально-технических училищах.

Учебная и научно-педагогическая деятельность В.Я. Науменко эффективно сочеталась с общественной работой. В 1968 г. В.Я. Науменко возглавил Брестское отделение Географического общества Белорусской ССР. Он неоднократно избирался секретарем парторганизации административно-хозяйственных работников, членом и секретарем парткома пединститута, членом профкома, обкома отраслевого профсоюза. В 1972–1986 гг. являлся членом Белорусского республиканского комитета профсоюза работников просвещения, высшей школы и научных учреждений.

Результаты административно-организаторской, научной и научно-общественной деятельности В.Я. Науменко получили широкое признание. Он награжден медалью «За доблестный труд» (1970), Почетной грамотой Президиума Верховного совета БССР (1980), значками «Отличник просвещения БССР» (1970), «Отличник просвещения СССР» (1979), «Отличник народного образования Республики Беларусь» (1999). В 1982 г. ему было присвоено почетное звание «Заслуженный работник высшей школы Белорусской ССР».

Владимир Яковлевич Науменко ушел из жизни 12 февраля 2005 г. в Бресте. Он внес большой вклад в развитие географического образования Брестском регионе. Его деятельность положила начало изучению экономического и социального развития Бреста и Брестской области, содействовала реализации краеведческого принципа в обучении географии.

В 2012 году в БрГУ имени А.С. Пушкина состоялась III республиканская научно-методическая конференция, посвященная 80-летию со дня рождения В.Я. Науменко "Краеведение в учебно-воспитательном процессе школ и вузов".